主要著作有《天津聚落之起源》《歷史地理學(xué)的理論與實踐》《歷史上的北京城》《步芳集》。主編有《北京歷史地圖集》。并且和黃秉維、吳傳鈞擔(dān)任九年義務(wù)教育三年制初級中學(xué)教科書《地理》第三冊與第四冊的顧問。與人合著的《北京史話》獲中國歷史學(xué)會、中國出版工作者協(xié)會授予的“愛國主義通俗歷史讀物優(yōu)秀獎狀”，論文《歷史地理學(xué)的理論及其應(yīng)用》被國家教委評為“優(yōu)秀科研成果”，《試論北京城市規(guī)劃建設(shè)的兩個基本原則》獲國家教委科技進(jìn)步二等獎。

《中國古代地理學(xué)簡史》（主編），科學(xué)出版社，1962年。《歷史上的北京城》，中國青年出版社，1962年第1版，1980年第2版。

《步芳集》，北京出版社，1962年第1版，1981年新版。

《歷史地理學(xué)的理論與實踐》，上海人民出版社，1979年第1版，1982年再版。

《北京歷史地圖集》（主編），北京出版社，1987年第一集，1995年第二集。

《歷史文化名城保護(hù)與建設(shè)》，文物出版社，1987年。

“歷史地理學(xué)概述”，《百科知識》，1988年第3期。

《侯仁之燕園問學(xué)集》，上海教育出版社，1991年。

《歷史地理學(xué)四論》，中國科學(xué)技術(shù)出版社，1994年。

侯仁之院士是《中國歷史文化名城大辭典》資深顧問，多次在北京大學(xué)燕南園家中接見《中國歷史文化名城大辭典》執(zhí)行主編羅亞蒙，親自指導(dǎo)《中國歷史文化名城大辭典》編撰工作，1999年還以88歲高齡親自到人民日報社出席《中國歷史文化名城大辭典》首發(fā)式暨出版座談會，并與李孝聰教授在《光明日報》聯(lián)名發(fā)表書評，對《中國歷史文化名城大辭典》予以肯定。

侯仁之院士在文章中說：

從1982年國務(wù)院命名24座歷史文化名城以來，全國被正式認(rèn)定的國家歷史文化名城已經(jīng)達(dá)到99座。10多年來，介紹這些歷史文化名城的書籍出版了許多部，但由于體例不一，內(nèi)容側(cè)重不同，致使廣大讀者難以對這近百座中國歷史文化名城的總體特征、每一座歷史文化名城的特點和名城保護(hù)與發(fā)展規(guī)劃的關(guān)系等有清晰的認(rèn)識。如今，由西北大學(xué)歷史文化名城研究中心主任羅亞蒙先生主持，全國10所著名大學(xué)和有關(guān)部門共1000多位專家、領(lǐng)導(dǎo)參與編纂的《中國歷史文化名城大辭典》的出版，是我國歷史文化名城保護(hù)與發(fā)展事業(yè)的一件大事。

中國的城市有上千座，每一座城市都各具特點，但是夠得上歷史文化名城稱號的城市，必須符合標(biāo)準(zhǔn)，即：（1）有一定的歷史和文化傳統(tǒng)；（2）文物古跡主要分布在市區(qū)和近郊，對城市發(fā)展有重大影響；（3）有保存較好的歷史街區(qū)。為了從整體上來把握，《中國歷史文化名城大辭典》設(shè)置了城市概況、歷史大事、杰出人物、名勝古跡、傳統(tǒng)文化、當(dāng)代建設(shè)等6個大類，每類之下再分立條目。綱目的設(shè)置緊緊扣住國家歷史文化名城的綜合特征，克服了過去這類書典體例松散不一的缺點。例如：第一大類“城市概況”設(shè)置“城市特點”條目，展示了每座城市在國務(wù)院批件中確定其為國家歷史文化名城的依據(jù)，并提綱挈領(lǐng)地闡明了其獨具的歷史文化特色，以及當(dāng)前的經(jīng)濟(jì)產(chǎn)業(yè)特點。這個條目向讀者揭示了每座名城“金榜題名”的依據(jù)。更為重要的是，這些評定的依據(jù)是當(dāng)時城市職能部門會同各方面的專家，根據(jù)當(dāng)時城市所具有的特征申報評審的結(jié)果，無論當(dāng)今還是將來，人們都可以繼續(xù)用這些依據(jù)去衡量那座名城的保護(hù)與發(fā)展是否真的按照國務(wù)院的要求去做了？作為評定標(biāo)準(zhǔn)的名城獨具的歷史文化特色是否還存在？名城有哪些方面的發(fā)展？時過境遷，人們或許對之已經(jīng)淡忘，而《中國歷史文化名城大辭典》則能適時地提供有價值的依據(jù)。

中國科學(xué)院資深院士、北京大學(xué)教授侯仁之先生因病醫(yī)治無效，于2013年10月22日在北京逝世，享年102歲。

侯仁之是中國現(xiàn)代歷史地理學(xué)的重要開創(chuàng)者之一，在理論和實踐兩個方面為中國歷史地理學(xué)的發(fā)展做出了杰出貢獻(xiàn)。侯仁之對北京、承德、淄博、邯鄲、蕪湖等城市開展了卓有成效的歷史地理研究工作。特別是在北京城市歷史地理的研究中，侯仁之根據(jù)細(xì)致的實地調(diào)查和文獻(xiàn)考證，從河湖水系和地理環(huán)境入手，系統(tǒng)揭示了北京城的起源、形成、發(fā)展、城址轉(zhuǎn)移的全過程，以及古代北京城的規(guī)劃和變化特點，將城市歷史地理學(xué)的研究與首都規(guī)劃建設(shè)結(jié)合起來，對北京市城市規(guī)劃、舊城改造與保護(hù)、水利建設(shè)等做出了卓越貢獻(xiàn)。 ^[8] 

“先生給我們最大的教益是告訴我們怎樣從歷史地理的角度觀察一個城市，他開創(chuàng)了這方面最好的學(xué)術(shù)眼光和學(xué)術(shù)方法。”北京大學(xué)歷史地理研究中心主任唐曉峰教授昨夜接受記者采訪時說。讓唐曉峰難受的是，侯仁之未能在生前看到其主編的《北京歷史地圖集》全套出齊的模樣?！斑@是一個長達(dá)30年的研究計劃，第一集出版于1987年，第二集出版于1995年，前不久第三集也完成了。我們本想在24日，也就是后天，將全三冊整套帶到醫(yī)院給先生看……現(xiàn)在已成為最大的遺憾。”

侯仁之被譽(yù)為“活北京”。上世紀(jì)50年代以來，他從現(xiàn)代地理學(xué)的角度，揭示了北京城市起源、城址轉(zhuǎn)移、城市發(fā)展的特點及其客觀規(guī)律等關(guān)鍵性問題，成為北京舊城改造、城市總體規(guī)劃及建設(shè)的重要參考資料。在北京城市發(fā)展中，他大聲疾呼：首要問題是水源的開發(fā)。他珍愛老北京風(fēng)土人情的“根源”，一次又一次去什剎海、匯通祠、鐘樓、鼓樓、后門橋一帶，對這一地區(qū)的改造深切關(guān)注。

夫人張瑋瑛眼里的侯仁之當(dāng)?shù)闷稹扒趭^堅毅”四字。他無比珍惜“文革”后重新開始的學(xué)術(shù)生涯，每天清晨三四點便起床工作。70多歲時，他攀上了一生的寫作高峰，10年間發(fā)表文章百篇之多；80多歲時，他還在利用暑假帶學(xué)生到內(nèi)蒙古等地進(jìn)行野外考察。90多歲后，不能像以往一樣投入工作，使他失卻了生活的重心，使他傷感。但一直到100歲，侯仁之還思維清晰、精神不錯，時常坐著輪椅在未名湖畔“散步”；在沙漠治理、環(huán)境變化、舊城改造這幾個自己認(rèn)準(zhǔn)的研究方向上，他從未停止過探索。 ^[9]